在过去，科学家们已经建立了许多用于心脏疾病研究与相关药物研发的哺乳动物模型，而斑马鱼体积小，在早期发育过程中呈半透明状并且能繁殖发育迅速、与人类的遗传及疾病发病机制都具有相似性。斑马鱼在24hpf（hours post fertilization，受精后小时数）后胚胎心脏开始跳动，72hpf后心腔形态上已完成分化。

虽然斑马鱼心脏中只有一个心室和一个心房（与哺乳动物的两个心室和两个心房相比），但斑马鱼的心血管发育在生理和基因上与哺乳动物高度相似。例如，斑马鱼的心率（120-180bpm）更接近于人类的心脏（60-100bpm），而不是小鼠的心率（300-600bpm）。

缺血性心脏病（心梗）和心脏再生模型

常见的至心脏损伤方法有两大类，一类是通物理手段，如：机械损伤，冰冻损伤。一类是化学手段，如：转基因导入硝基还原酶NTR

冰冻损伤后观察斑马鱼心脏组织再生过程中，分析细胞增殖及基因表达改变。

心力衰竭模型

马兜铃酸(Aristolochic acid，AA) 对人体和小鼠的肠、胃等不同器官均有毒性作用，会导致斑马鱼胚胎心脏发育缺陷，诱发心力衰竭。阿霉素（Doxorubicin，DOX）是一种抗肿瘤抗生素，可抑制RNA和DNA的合成，也常被用于心力衰竭动物模型构建。

通过Morpholino技术敲低斑马鱼的USMG5基因，能诱发胚胎心包囊肿胀，诱发心力衰竭。

心律失常模型

二萜烯生物碱（Diterpene alkaloid，DAs）具有心脏毒性，并引发心律失常

斑马鱼pitx2c基因突变会出现与人类AF（心房颤动）患者相似的病理表型，包括心律失常、心房传导缺陷和心脏代谢等改变。

心跳骤停模型

HCN4突变被认为是先天性病态窦房结综合征(SSS) 的原因之一。morpholino敲低HCN4基因，导致斑马鱼胚胎心脏骤停。