炎症反应是血管系统的活体组织对损伤因子所产生的防御反应，其中一大特点就是白细胞（粒细胞和巨噬细胞）的组织渗透。因为在机体上，分子和细胞基础上的炎症研究很难完成，所以很多研究都是依赖于体外实验和分析固定后的组织来进行的。斑马鱼在发育的早期阶段，身体是透明的，而中性粒细胞在斑马鱼先天性免疫系统形成前就生成了，所以可以使用斑马鱼炎症模型筛选抗炎药物。我们可以利用特异性药物诱导炎症介质的产生，使斑马鱼的中性粒细胞发生免疫应答，聚集在炎症部位，从而成功地筛选和评价有效的抗炎活性物质。用阳性药做验证试验后，也证明了该模型的可靠性和稳定性。

真菌性感染相关疾病模型

黄曲霉毒素B1 (AFB1)是曲霉属真菌产生的次级代谢产物，在各种食物和鱼饲料中被发现。黄曲霉毒素B1(AFB1) 能诱发斑马鱼胚胎一系列发育异常，包括体轴弯曲、心包水肿和卵黄囊肿大。感染后用猴头菌提取物进行药物处理，发现猴头菌提取物对AFB1诱导的斑马鱼凋亡过程有显著抑制作用。这一类模型在药物筛选中应用比较广泛。

细菌性感染相关模型

无乳链球菌（B族链球菌，GBS）是一种革兰氏阳性细菌，可引起包括人类在内多种动物的感染，当机体免疫功能低下时，可引起皮肤感染、心内膜炎、产后感染、新生儿败血症和新生儿脑膜炎，同时也是一种新兴的水产养殖病原体。将绿色荧光标记的GBS注射到红色荧光标记了血管的转基因斑马鱼胚胎中，可以看到注射后24小时和48小时，脑血管系统中都出现了绿色荧光标记的GBS。在红色荧光标记中性粒细胞的转基因斑马鱼胚胎中注射绿色荧光标记的GBS，发现中性粒细胞向注射了GBS的部位迁移。可以非常清晰直观地看到，GBS穿透血脑屏障(BBB)，引起斑马鱼脑膜炎的过程。

病毒性感染相关模型

这种模型通常是通过构建病毒核心蛋白载体来造模的。比如，把丙型肝炎病毒复制所必需的的5’-UTR、核心蛋白、非结构蛋白5B (NS5B)和3‘UTR连入IRES绿色荧光蛋白报告载体（线性化后直接注射到斑马鱼胚胎里），并利用肝脏特异性表达启动子HNF4a启动表达，构建丙型肝炎病毒亚复制子载体（pH5B）。将载体显微注射到斑马鱼胚胎中，丙型肝炎病毒的核心基因和非结构蛋白5B在肝脏中特异性表达。HCV感染会引起人肝细胞中宿主基因表达的改变，对HCV感染后的斑马鱼肝脏基因表达进行检测，会发现结果基本一致。